Von der Nikolaikirche kündet heute nur noch der Turm. Dieses Schicksal teilt er mit weiteren Türmen von ehemaligen Kirchen, denn auch von der Bartholomäuskirche, der Johanneskirche, Georgs- und Paulskirche künden nur noch ihre Türme.
Die Nikolaikirche selbst gehört zu den zahlreichen "verschwundenen" Kirchen Erfurts. Von ihr kündet heute lediglich der einst zu ihr gehörende Turm, welcher sich an der Ecke der Augustinerstraße/Comthurgasse befindet.
Er ist nicht nur der älteste, sondern mit seinen 51 Metern nach dem Turm des Domes der höchste Erfurts. Der Nikolaiturm wurde 1360 errichtet. In seinem Erdgeschoß befand sich eine Kapelle mit einem Altar zu Ehren der Heiligen Elisabeth. Noch lange nachdem das Gotteshaus abgebrochen war, wurden an diesem Altar jährlich zwei Messen gelesen. Das oberste der vier Stockwerke, mit vier großen spitzbogigen Fenstern versehen, war viele Jahre hindurch die Wohnung eines Wächters, der bei Bränden Alarm zu geben hatte. Diese Funktion als "Wächterturm" behielt er bis in das 19. Jahrhundert.
Die zum Turm gehörige Kirche war, wie die Spuren erkennen lassen, nach Norden zu an diesen angebaut und reichte bis weit in die Hügelgasse hinein. Diese Gasse hieß in alten Zeiten "Auf dem Hügel". Der Name ist mit höchster Wahrscheinlichkeit dem Geländebild entnommen. Im Mittelalter hat hier die Gera vermutlich ein größeres Sumpf- und Wassergebiet gebildet (darauf deuten die alten Straßennamen Sub Slicibus und Venedig hin), aus dem sich diese Gegend wie ein flacher Hügel erhob.
Ein Durchgangsgewölbe, ähnlich wie bei der Ägidienkirche an der Krämerbrücke, leitete den Verkehr auf der alten und belebten via regia lusatae von der Lehmannsbrücke unter der Kirche hindurch in die Augustinerstraße. Der Teil der heutigen Augustinerstraße, der von der Michaelisstraße bis zum Ende der Brücke reicht, hieß bis 1870 Lehmannsbrücke. Von einem Hochwasser zerstört, baute man diese Brücke, welche ursprünglich aus Holz konstruiert war, 1342 wieder auf, diesmal aber aus Stein. In einer Urkunde von 1108 wird sie als Liepwinisbrucca bezeichnet. Im Laufe der Zeit ist daraus der Name Lehmannsbrücke geworden.Wenn die Nikolaikirche auch erst 1212 urkundlich erwähnt wird, so soll doch eine ihrer Glocken bereits 1013 die Gläubigen zur Andacht gerufen haben. Möglich auch, dass an der Stelle der Nikolaikirche schon wesentlich früher die Basilika St. Nikolai gestanden hat. Patronatsherr dieser Kirche war der Propst des Marienstifts. 1288 wurde dieses Patronatsrecht an die Brüder vom Deutschen Orden abgetreten, deren Ordenshaus, der Comthurhof, dicht neben der Kirche lag.
Während der Einführung der Reformation ruhte eine Zeitlang der Gottesdienst in diesem Gebäude. Aber schon 1526 konnten die katholischen Bürger hier wieder ihrer Andacht nachgehen. Jetzt zeigten sich allerdings auch schon allenthalben Verfallserscheinungen im Bauwerk, die häufige Reparaturarbeiten notwendig machten.
Unter der schwedischen Besatzung im Dreißigjährigen Krieg diente die Nikolaikirche den Schweden als Garnisonkirche. Die verarmte und zusammengeschmolzene Nikolaigemeinde konnte die Mittel für die notwendigen Reparaturarbeiten nicht aufbringen und die Brüder vom Deutschen Orden weigerten sich, Geld dafür zur Verfügung zu stellen. Die Kirche verfiel deshalb immer mehr. Da sie einzustürzen drohte, wurde Ende des 18. Jahrhunderts ihr Abbruch verfügt.
Siehe auch: Überblick Verschwundene Kirchen und Klöster