Vytvoření filozofické fakulty bylo deklarováno již při založení Jihočeské univerzity v roce 1991. Začátkem procesu završeného zřízením Filozofické fakulty JU bylo vyčlenění Historického ústavu (HÚ) ze struktury Pedagogické fakulty 1. 1. 2003. Z HÚ se tehdy stal samostatný vysokoškolský ústav, který v krátké době obhájil či nově získal všechny akreditace bakalářských, magisterských a doktorských studijních programů, práva habilitací a profesorských řízení v oboru české dějiny. Historický ústav se vyvíjel také jako pracoviště základního výzkumu, jehož výzkumný záměr na léta 2005-2009 byl MŠMT ČR hodnocen nejvyšší klasifikací.

Základem filozofické fakulty se od 1. 1. 2006 stanou tři pracoviště, tři ústavy – historický ústav, ústav bohemistiky a ústav estetiky a dějin umění. Perspektivně se počítá s tím, že se z historického ústavu vydělí některá další pracoviště, která jsou dosud součástí ústavu a která se během krátké doby mohou stát samostatnými ústavy v rámci nové filozofické fakulty. Mohlo by jít například o ústav archivnictví, ústav středověké archeologie a podobně. V horizontu tří let by zde mohl vzniknout ústav románských studií, uvažuje se také o ústavu sociologie, politologie a některých dalších perspektivních společenskovědně orientovaných především neučitelských oborů.

Filozofická fakulta Jihočeské univerzity (FF JU) byla budována v souladu s platnými právními předpisy, obsáhlý akreditační materiál 7. a 8. června 2005 posuzovaly 4 pracovní skupiny Akreditační komise (jmenované Vládou ČR). Na základě úspěšně vypracovaného projektu byl 13. června 2005 Akreditační komisí vydán souhlas se zřízením Filozofické fakulty Jihočeské univerzity, který rektor JU obdržel v písemné podobě. Podle § 23 odst. 3 zákona č. 111/1998 Sb. a v souladu s § 9 odst. 1 písm. a) téhož zákona projednal Akademický senát Jihočeské univerzity (AS JU) na svém zasedání dne 28. června 2005 zřízení této nové součásti Jihočeské univerzity od 1. 1. 2006.

Od 1. 1. 2006 bude na filozofické fakultě zhruba 200 studentů - všichni stávající studenti historického ústavu a někteří studenti z katedry bohemistiky pedagogické fakulty (neučitelská bohemistika a doktorské studium). Akreditační komise převedla studijní programy na nový subjekt – filozofickou fakultu, tito studenti již dokončí studium jako absolventi FF JU. Výhledově (během čtyř až pěti let) počítá filozofická fakulta s nárůstem na 700-800 studentů.

„Chceme, aby filozofická fakulta vychovávala nejen vědce, ale i řadu prakticky zaměřených odborníků, kteří najdou uplatnění ve sféře muzeí, archivů, v památkové péči, v nakladatelstvích, ve sdělovacích prostředcích a podobně,“ říká rektor Jihočeské univerzity prof. PhDr. Václav Bůžek, CSc.: „Budeme usilovat o to, aby fakulta přispěla k duchovní kultivaci tohoto regionu, který byl dříve zcela v pohraničí a nyní, se vstupem do Evropské unie, je to jeden z centrálních regionů ve střední Evropě. S tím souvisí i jeden z našich cílů – ve spolupráci s univerzitou v Pasově, která má velkou filozofickou fakultu a je jednou z nejbližších partnerských univerzit JU, bychom chtěli připravit studijní program středoevropských studií. Toto studium by vychovávalo specialisty, kteří by znali středoevropské jazyky, reálie, kulturu, právo, historii, byli by to prakticky orientovaní lidé, kteří by se v tomto středoevropském prostoru dokázali uplatnit jako kvalifikovaní úředníci, poradci a podobně.

Fakultu stavíme jako fakultu badatelskou, orientovanou především na základní výzkum. Znamená to, že přinese i další vědeckou kvalitu, která se odrazí v úrovni vysokoškolské výuky. Navíc je všeobecně známo že o humanitní a společenskovědní obory je velký zájem, takže tím uspokojíme i poptávku středoškolské populace studovat historii, archivnictví, archeologii, bohemistiku a perspektivně i další obory.

Filozofická fakulta JU vychází z přirozeného výzkumného prostoru, kterým je, jak rád říkám, prostor česko-rakousko-bavorského regionu s bohatými knihovnami, archivy, hmotnou kulturou, literárními, folkloristickými, uměnovědnými tradicemi a podobně. Jsem přesvědčen, že tento prostor může sloužit jako určitý laboratorní, terénní prostor pro řešení řady naléhavých aktuálních otázek moderních společenských věd.“