Als 1759 ein neuer Direktor für das schon seit 1742 bestehende Waisenhauses am Rennweg gesucht wurde, fiel die Wahl auf Parhamer, der dieses Amt bis zur Verlegung des Instituts ins ehemalige Spanische Spital (Boltzmanngasse 9) im Jahr 1785 ausübte.
Ignaz Parhamer galt zu seiner Zeit als hervorragender Pädagoge und das von ihm geleitete Waisenhaus als Musteranstalt, wo den dort lebenden Mädchen und Buben nicht nur ein gediegener Unterricht und Musikpflege geboten, sondern in dem auch besonderer Wert auf die Beachtung der Hygiene gelegt wurde.
Allerdings trug Ignaz Parhamer wegen der strengen Zucht und Ordnung, für die er bekannt war, die Bezeichnung "Pater Kindergeneral" ein.
In der dem Waisenhaus angeschlossenen Kirche - heute Maria Geburt - dirigierte 1768 der damals zwölfjährige Mozart die von ihm komponierte "Waisenhausmesse".