An der Mautstelle der St. Marxer Linie vorbei ging es dann nach Süden bis Wiener Neustadt. Der Ausbau bis Ödenburg wurde immer wieder aus finanziellen Gründen verschoben. Inzwischen glaubte wahrscheinlich niemand mehr daran, mit dem Kanal jemals Triest erreichen zu können.
Ab 1822 verpachtete der Staat die Kanalnutzung, womit eine Teilprivatisierung eingeleitet war. 1848 musste das Hafenbecken der geplanten Erbauung der Verbindungsbahn weichen. Das neue Becken in der Gegend Aspangstraße / Hafengasse nahm seinen Betrieb im Sommer 1849 auf.
1869 verkaufte der Staat den Kanal an die k.k. priv. Österr. Vereinsbank und damit an die "Schifffahrtskanal AG", die anfangs bescheidene Gewinne erzielte. Aber bereits 1872 war der Kanaltraum ausgeträumt, als die Aktiengesellschaft beschloss, in Zukunft nicht nur Kanalprojekte sondern auch Eisenbahnbauvorhaben zu betreiben.
Das war die Zeit, als man darüber nachdachte, eine Wien-Saloniki-Bahn zu errichten, die dann von Saloniki aus eine direkte Anbindung nach Bagdad bekommen sollte. Die österreichischen Großunternehmer sahen nun schon die Möglichkeit, ihre Auslandsgeschäfte über den adriatischen Raum hinaus bis in den Vorderen Orient auszuweiten, in greifbarer Nähe.