1673 wurde der Grundstein für eine kleine Kirche in der Vorstadt Unter den Weißgerbern gelegt, die aber wenige Jahre nach ihrer Fertigstellung und Weihung zu Ehren Mariens und der hlg. Margarete während der 2. Türkenbelagerung zerstört wurde. Zur Erinnerung an das frühere Kirchlein und zugleich zum Andenken an die 1673 verstorbene Gattin Kaiser Leopold I., Margarita Teresa, wurde 1690 neuerlich ein Kirchenbau begonnen, der nach Fertigstellung der hlg. Margarete geweiht wurde.
Für diesen Neubau hatte das Ehepaar Dißler den Baugrund an der heutigen Anschrift Radetzkyplatz 3 / Löwengasse 10 zur Verfügung gestellt.