L'objectiu dels estudis de doctorat és la formació avançada de l'estudiant en tècniques de recerca, que ha d'incloure l'elaboració i la presentació d'una tesi doctoral, consistent en un treball original de recerca. La Universitat Pompeu Fabra ofereix una sèrie de programes de doctorat els objectius concrets dels quals són: formar investigadors i preparar equips de recerca que puguin afrontar amb èxit el repte que suposen les noves ciències, tècniques i metodologies; impulsar la formació del professorat, i perfeccionar el desenvolupament professional, científic, tècnic i artístic dels titulats superiors.
En el doctorat, l'estudiant ha de començar a elaborar un treball original en el marc d'una de les línies de recerca del departament o institut universitari que organitza el programa, d'acord amb la matèria obligatòria del doctorat Defensa del Projecte de Tesi (5 crèdits ECTS). Alguns programes de doctorat ofereixen altres matèries formatives, com ara seminaris, conferències i altres activitats acadèmiques, que comporten una càrrega lectiva afegida als 5 crèdits ECTS obligatoris de la matèria Defensa del Projecte de Tesi. Una vegada superada la matèria Defensa del Projecte de Tesi, el doctorand haurà d'inscriure el seu projecte de tesi en el registre de la Universitat.
La durada màxima prevista del període de formació del doctorat és d'un any. En aquest any, l'estudiant haurà de superar la matèria obligatòria Defensa del Projecte de Tesi i, si és el cas, els crèdits dels cursos i seminaris corresponents. Si l'estudiant no supera el 50% dels crèdits del programa, pot presentar-se a una segona convocatòria d'avaluació que té lloc l'any següent al de l’inici del doctorat. Una vegada inscrit, el termini per presentar la tesi (dipòsit definitiu de la tesi) és de tres anys (en cas de dedicació parcial, aquest termini pot ampliar-se fins als sis anys).
A l'inici dels estudis de doctorat, una vegada formalitzada la matrícula i superada la matèria Defensa del Projecte de Tesi, l'organització del doctorat assignarà al doctorand un director de tesi doctoral, segons la línia de recerca a què pertanyi el projecte. El director de tesi doctoral quedarà assignat definitivament amb la inscripció del projecte en el registre de la Universitat. Al llarg del període d'elaboració de la tesi, i si així ho requereix el curs de la recerca, el doctorand pot canviar de director, demanar una codirecció de tesi o, fins i tot, demanar un director extern a la Universitat, sempre que el canvi sigui motivat i degudament autoritzat per la Universitat.
