La Universitat Pompeu Fabra està organitzada en vuit departaments i quatre instituts universitaris de recerca; té tres centres de recerca adscrits (Barcelona Graduate School of Economics, Centre de Regulació Genòmica i Institut Municipal d'Investigació Mèdica), un d'interuniversitari (Institut Barcelona d'Estudis Internacionals), centres de recerca participats, centres de recerca amb el CSIC i centres vinculats.